現在プラスチックの碁石も流通しているが、本来は白石は貝、黒石は石からできている。

具体的には白石は蛤の殻が原料。殻を碁石の大きさにくりぬき、形を整えていく。地中にねむる、ある程度化石となった「チョウセンハマグリ」が多用される。 場所は宮崎県日向市が有名。くりぬくのだから、殻の大きさはそれなりに大きくなければならない。大きい殻からは１０個前後くりぬけることもある。

白石の原料であるチョウセンハマグリがどんどん少なくなっていることが影響して、白石をつくるのには相当なお金がかかる。 碁石のセットを買うときの代金はその多くが白石にかかった費用に対するもの。

一方、黒石は地中から採掘される粘板岩である那智黒石が原料。石を磨いて、碁石の形に整えていく。 那智黒石は三重県の熊野市でしかとれない。那智黒石は碁石のほかに、硯、庭園の石などに使われることもある。